O manual de aplicação foi desenvolvido para facilitar a missão do Sistema Indústria de preservar a integridade das marcas das entidades que o compõem. Seguindo padrão estabelecido, que retrata a integração sistêmica das entidades, e no sentido de lhes dar maior visibilidade, as logomarcas destacam as entidades separadamente em situações onde são identificadas como promotoras, mas sempre conjuntamente à marca CNI.
A quarta edição do Manual de Marcas do Sistema Indústria foi editada em 2014 e apresenta as novas modalidades de uso das logos.
